本发明涉及一种三维存储器、三维存储器的制作方法及存储系统，该三维存储器的制作方法包括：在衬底上形成堆叠结构，堆叠结构包括多个堆叠区域以及在第一方向上位于相邻堆叠区域之间的栅线缝隙区；形成贯穿堆叠区域中的堆叠结构的多个沟道孔、以及贯穿栅线缝隙区中的堆叠结构的多个虚拟沟道孔；形成贯穿栅线缝隙区中的堆叠结构的栅线狭缝，以去除多个虚拟沟道孔并将相邻堆叠区域中的堆叠结构分隔开，从而在堆叠区域中刻蚀形成沟道孔的过程中，能够避免由于栅线缝隙区形成的刻蚀材料易在靠近栅线缝隙区的沟道孔中堆积，而导致靠近栅线缝隙区的沟道孔刻蚀不足的问题，以提高最终形成的三维存储器的性能。