本发明公开了一种多弹协同系统的模糊关联融合方法，其包括进行滤波和时空同步得到多弹探测系统内各个导弹的局部估计；根据各个从弹的局部估计构建与任意两个导弹对应的模糊因子集；采用高斯隶属度函数对每个模糊因子集进行计算，得到对应的相似度值；基于相似度值通过模糊综合函数获取任意两个导弹的局部估计的综合模糊相似度；将所有综合模糊相似度构建为综合模糊相似度矩阵；对综合模糊相似度矩阵进行关联判决，得到该多弹探测系统的融合估计信息；利用融合估计信息纠正从弹的探测信息错误，并将融合估计信息作为从弹制导信息的输入。本发明使多弹协同系统中的导弹不易受到欺骗干扰，能够对目标探测出现的偏差进行修正。