本发明公开了一种自主多自由度扫描型内窥镜微创手术导航装置及其系统，同时具备偏转运动传递装置和弯曲控制装置，能够获取不同手术时间点下多角度的患者体内组织的术中成像信息。内窥镜导航系统自带的运算芯片基于术前的医学影像进行手术的规划引导，自主调整内窥镜镜头扫描的方式。并在内窥镜运行过程中，利用术前和术中获得的影像信息，自动重建出手术重要区域的器官三维结构。对重建的术前和术中三维组织结构进行实时配准融合，获得全面的器官三维信息。最后基于精确完整的器官三维信息，不断调整内窥镜的行动路径和探头角度，进行内窥镜成像优化。本发明能够对微创手术过程予以实时的导航规划，自动完成路径规划，自主调整内窥镜成像角度。