本发明属于高端装备制造产业中的目标定位技术领域，特别涉及一种基于首点测量数据的弹道导弹发射点位置估计方法及系统，利用红外传感器对弹道导弹进行探测，包含：首先，构建红外传感器和弹道导弹的空间几何关系；然后，依据红外传感器首次探测到弹道导弹的探测视线射线及角度测量数据来建立弹道导弹发射点定位方程；最后，根据飞行器姿态角及搭载的红外传感器的探测数据对弹道导弹发射点定位方程进行迭代求解，依据求解结果确定发射点位置估计值。本发明通过红外传感器和弹道导弹的空间几何关系来构建定位方程，进而解算出发射点位置估计，方案简单、合理，并给出了测量误差对发射点定位误差的定量影响分析，便于实际场景应用。