本发明公开了一种基于主成分分析的无人机干扰源定位方法及系统，属于无人机通信及干扰信号识别领域，系统包括地面部分和无人机机载部分，方法利用主成分分析算法对干扰信号进行分类识别，同时在无人机扫频期间时刻检测各方向的干扰信号强度，根据干扰信号识别与能量检测过程中出现的信号峰值时刻计算出干扰源的方位角，在上一个预定监测点完成监测干扰源任务后，地面控制中心控制无人飞行至下一个预定监测点，且下一个预定监测点的位置在上一个预定监测点的干扰源方位角的覆盖范围，通过至少两次监测即可对干扰源的位置坐标信息，以保证信号干扰源的实时精准定位。