本申请提供了一种富集探针库的确定方法及装置，其中，该方法包括：获取待富集微生物分别对应的基因组序列；确定每个待富集微生物的基因组序列中保守区域对应的基因片段；针对每个待富集微生物对应的基因片段，通过滑动窗口确定出待富集微生物对应的碱基组合；根据预置条件将所有的待富集微生物的碱基组合进行过滤；根据每个待富集微生物对应的标识信息，及其过滤后的碱基组合确定富集探针库。本申请通过根据待富集微生物的基因组序列生成碱基组合，并将多个待富集微生物对应的碱基组合进行过滤，生成富集探针库，解决了设计多物种或多核酸序列的富集探针库的技术问题，产生了对多物种或多核酸序列进行富集并可以去除宿主基因干扰的技术效果。