本发明涉及一种提升计算机辅助诊断系统候选疾病基因识别性能的方法，属于计算机辅助诊断应用技术领域。针对现有的计算机辅助诊断系统在候选疾病基因识别性能存在准确率不高、可靠性不足等技术问题，本发明在计算机辅助诊断系统中，首先构建多层和多层异构基因网络。然后，利用一种游走于多层和多层异构网络的拓扑偏置随机游走算法来识别疾病基因。系统通过调整游走中的偏置参数，该算法可以在不同相互作用数据源上探索不同层中蛋白质和基因间功能和物理相互作用,并可以在异构网络上执行,其中，步行者可以遍历具有不同类型的节点和边集的网络，从而有效提高系统针对候选疾病基因的识别性能，能够更准确地识别出候选疾病基因。