本发明公开了一种多功能中成药灭菌系统，包括灭菌柜和灭菌层；所述灭菌层包括灭菌盘和碾压辊，所述灭菌盘设置在灭菌柜内，所述灭菌盘的中部设有下料管，且盘面均朝向下料管方向朝下倾斜，所述碾压辊设置在灭菌盘上，且能够沿灭菌盘的倾斜方向移动；所述灭菌柜沿竖直方向设有多个灭菌层，且底部设有接料槽。使用上述一种多功能中成药灭菌系统，可用于益肺止咳胶囊等中成药粉末的灭菌，其通过药粉的持续流动，并配合碾压辊的碾压效果，能够确保药粉在灭菌过程中保持松散不会结块，具有较好的药品质量。