本发明提供了一种用于操作电动外科缝合器的方法，该电动外科缝合器具有马达单元、控制器、以及具有闭合构件、钉驱动器构件和刀构件的缝合组件。控制器接收用户输入，该用户输入指示了待由关闭状态下的缝合组件限定的组织间隙。基于用户输入，控制器控制马达单元致动闭合构件，以使缝合组件转变为关闭状态，从而限定组织间隙并将组织夹持在所述组织间隙中。然后控制器控制马达单元致动钉驱动器构件，以将钉驱动到被夹持的组织中。响应于确定钉驱动器构件已经到达预定纵向位置，控制器控制马达单元启动刀构件的致动，以切割被夹持的组织。