本实用新型公开一种肠道微生物取样装置，包括底座、平板，平板的第一端铰接在底座的第一端，底座上设置平板驱动机构；平板第一端上表面设置用于放置肠道的第一凹槽，肠道置于第一凹槽中，肠道的第一端朝向平板第一端，底座上还设置微生物收集装置，肠道的第一端通向微生物收集装置；平板第二端上表面设置冲洗装置，冲洗装置的出液端通向肠道的第二端；平板上还设置调温装置，以及杀菌装置；平板第一端上可拆卸的安装有能够盖住肠道的盖板；还包括控制单元，冲洗装置、调温装置、杀菌装置均由控制单元控制。本实用新型的优点在于：肠道能够得到稳定支撑，取样方便，机器自动化操作，省时省力，冲洗效果较好，并能够提供符合要求的取样环境。