本发明公开了一种用于冻干设备的自动化物料输送装置，包括吊装在车间顶部的轨道组件以及在轨道上运行的行走小车，行走小车下方通过自动锁定结构连接托盘支架，该轨道组件的起始点的两侧分别设置上料工位和下料工位，以轨道组件为主的自动化物料输送装置用于连通分割区和原料转运区；轨道组件位于上料工位和下料工位的位置均包括升降轨道和固定轨道。本发明是专用于冻干设备的自动化输送的机械结构，其能够实现多层的自动化上料、运输和下料，其通过设置制动机构和接近传感器能够较为精确实现重量较大的运输设备的停车功能，用以方便机械臂的上料和下料。