本发明公开的一种基于蔬菜青枯病防治的微生态调控方法及系统，包括：获取目标蔬菜种植区域的初始土壤理化性质及初始土壤微生物特征，获取蔬菜植株健康生长的特定细菌类群相对丰度变化曲线作为基准曲线，并根据蔬菜植株的不同生长阶段获取特定细菌类群相对丰度实际变化曲线；将特定细菌类群相对丰度实际变化曲线与基准曲线进行对比生成曲线偏差，根据曲线偏差生成青枯病预警信息；根据目标蔬菜种植区域的当前土壤理化性质、当前微生物特征对土壤进行综合评价，根据土壤综合评价结果结合与蔬菜种类相关的青枯病防治关键微生物及最佳防治时间生成微生态的调控方案。本发明对蔬菜种植区域的土壤微环境进行针对性调控，有效防治青枯病等土传病害。