本发明提供了基于CT图像的肺支气管自动分割方法及系统，属于医学图像处理技术领域，方法包括：获取胸肺部CT图像；对所述胸肺部CT图像进行初次分割，以得到主干气管图像和肺部图像；对所述肺部图像进行多尺度管状增强，并统计灰度分布直方图，以得到灰度阈值和增强灰度阈值；根据所述主干气管图像构建种子点队列，利用所述灰度阈值和增强灰度阈值执行区域增长，得到肺支气管分割图像。该方法利用灰度实现无需人工交互的肺支气管分割，方便快速，较大程度上提高了肺支气管建模的速度以及CT图像中肺支气管的分割效率，该方法无需GPU硬件支持，仅使用CPU即可快速实现，易于在不同环境下推广使用。