本发明提供了一种原位修复水生态系统的生物孵化净水平台及修复方法。生物孵化净水平台包括生态浮板、微生态模块、挺水植物种植模块；生态浮板由多个浮板单元拼接组成；微生态模块有多个，悬于生态浮板外边缘的浮板单元的下方；微生态模块包括悬挂式种植模块和生物反应器；悬挂式种植模块包括网格笼、设于网格笼内的隔网、填充于网格笼内的填料，悬挂式种植模块用于种植沉水植物；生物反应器包括固定于浮板单元下方的筛网笼，筛网笼内用于培养食藻虫；挺水植物种植模块设于生态浮板上。本发明所述的生物孵化净水平台能够改善水体生态系统缺失问题，对人工景观封闭水体的水体浑浊和富营养化有着极大的改善作用，且治理成本低。