本发明公开了一种脑卒中患者的脑部图像处理方法及系统，利用核磁共振检测仪和脑电地形图仪，分别获得脑卒中患者的原始脑结构图像和脑电地形图像；并进行数据转换预处理、图像转换处理、脑部结构提取和图像修复处理等方法过程，从而获得识别准确率较高的脑部修复图像。该脑部图像处理方法及系统能校正原始脑结构图像中阴影模糊的区域，使脑部结构轮廓更加清晰准确，提高了MRI脑部图像中脑部结构轮廓的识别准确率。