本发明提出了一种自动化微生物固体平板分离培养装置，包括菌液输入线、自动注液器、固体平板和中央控制系统；菌液输入线用于输送富集微生物菌液；自动注液器将富集微生物菌液注入自动划线模块中，由自动划线模块在固体平板上自动划线，使得富集微生物菌液的划线轨迹能够呈梯度稀释，在培养基上长出沿着划线轨迹进行分离后的菌落。本发明还提供一种自动化微生物固体平板分离培养方案，通过自动划线的方式，避免了利用人力平板划线流程存在的问题，同时，本方案可以同时进行多个固体平板的自动划线，将其发展为自动化序列式划线分离工艺，可以有效地提高纯培养的效率，为分离培养高效的工程微生物菌提供重要的基础手段。