本发明公开了一种用于流式细胞仪的光束整形系统，包括至少两路光束整形单元，至少两路光束整形单元的输出光束最后聚焦至指定位置；每路光束整形单元均包括激光光源、光源扩束系统、反射镜、柱透镜和聚焦透镜，光源扩束系统包括沿光路依次设置的第一扩束透镜和第二扩束透镜，反射镜位于第一扩束透镜和第二扩束透镜之间或位于第二扩束透镜之后。本发明具有灵活的光源扩束系统，可根据商业成品激光器的输出光特性方便调节具有不同参数的扩束透镜，同时通过对光源扩束系统的一个扩束透镜进行轴向调节还能起到调节激光束腰位置功能，这样就不需要对激光光斑尺寸和束腰位置进行定制，可直接采购标准激光器能降低成本。