本发明公开了一种高效防逸散富硒肥料的制备方法，包括以下步骤：步骤1、按照质量比将30‑80％的海藻酸钠，与1‑5％的硒酸钠、亚硒酸钠的一种或混合物，10‑60％的腐殖酸，1‑10％的鱼蛋白肽粉、复合氨基酸粉的一种或混合物，按照比例进行混合；步骤2、用0.1‑1％浓度的壳寡糖溶液喷淋步骤1所得物料，补充水分含量达到10‑35％，要求方便造粒，边喷淋边用滚筒或转盘造粒，形成高活性富硒内芯，粒径2‑5毫米；步骤3、用5‑35％浓度的壳寡糖溶液喷淋步骤2所得富硒内芯，以液膜均匀附着富硒内芯表面不径流为宜，喷液量与富硒内芯质量比为1:50‑200范围内，形成弹性膜；步骤4、按照质量比将10‑80％的粉状氯化铁，10‑80％的氯化钙，10‑80％的轻质碳酸钙粉进行混合、粉碎、过60‑300目筛网，干燥保存备用；步骤5、在转鼓或转盘上，按照质量比将0.5‑5％的步骤4所得物料均匀包裹于95‑99.5％的步骤3所得物料上，构成防逸散壳，然后烘干密封保存。本发明通过构建高活性立体网络状富硒内芯与多重防逸散外膜壳的物理构型，解决了硒元素的高效利用与硒酸根/亚硒酸根毒性污染环境的矛盾。另外本发明生产过程所用原料均可作为土壤改良物质及作物生长营养物质。