本发明涉及药物提取技术领域，具体涉及一种药物分子分离提取装置，包括溶解箱，溶解箱左壁上端固设有锥形筒，锥形筒顶面左端连通有进料斗，进料斗内壁右端固设有挡块，挡块下端设有筛网，筛网右端转动连接有导料管。本发明将需要进行提取的药物原材料输送至进料斗内部，通过转轴旋转带动凸轮转动，推动筛网沿着导料管旋转并抖动进行除杂，减少了外部杂质对药物分子分离提取产生的影响，提高了精准性；破碎刀对药物原材料进行破碎及粉碎，刮板对破碎的药物原材料进行翻动，显著提高了破碎及粉碎效果，同时避免了药物造成堵塞的发生；通过电机A带动连轴旋转使C型搅拌杆旋转，提高了溶剂与破碎后药物的溶解效率，溶解更佳均匀。