本发明公开了一种秒脉冲延迟补偿系统及方法，涉及时钟同步技术领域，包括：处理器、压控振荡器、波形整形器、逻辑开关和脉冲触发电路。本发明提供了秒脉冲延迟补偿的系统的电路方案和实现方法，解决了现有时间同步系统的时间基准秒脉冲信号因传输延迟发生信号前沿偏差的问题。采用恒温压控晶体振荡器提供基准频率，该频率不会随温度变化而发生漂移；并设计了基准频率校准及调节方法，保障了处理器基准频率的稳定性，为准确移相秒脉冲，实现秒脉冲的精准延迟补偿奠定了基础。当秒脉冲延迟补偿值过大时，设计了渐变补偿的滑动方式靠近并达到秒脉冲补偿值，防止秒脉冲的突发抖动。