本发明属于酶催化技术领域，具体涉及一种酶催化甲基腰果酚的制备方法，包括以下步骤：首先合成出甲基转移酶的原始基因，对其进行优化、重组，将重组的表达载体转移到菌株中进行表达，对表达菌株进行培养，然后破碎，得到含重组甲基转移酶菌体破碎液。向反应器中加入腰果酚、甜菜碱、重组甲基转移酶菌体破碎液、磷酸盐缓冲液，调节pH值、温度，反应后得到甲基腰果酚；本发明提供的酶催化甲基腰果酚的制备方法，制备出了一定转化率的甲基腰果酚，不使用易燃易爆物质硫酸二甲酯和碘甲烷，环境友好，对于安全生产具有十分重要的意义。