本发明公开了一种仿生机器鱼的水下巡检系统，包括：分布设置于待巡检水池侧壁和池底的水下基站、仿生机器鱼和中央控制平台；水下基站设置有控制器，以及与控制器连接的第一通讯模块和声波发生器；仿生机器鱼设置有微控制器，以及与微控制器连接的第二通讯模块、声波接收器和微型传感器；第二通讯模块以广播的形式发送第一请求信号；控制器通过第一通讯模块接收第一请求信号，控制声波发生器发射声波信号；声波接收器根据声波信号确定相对位置信息；第二通讯模块将相对位置信息发送至中央控制平台；中央控制平台根据相对位置信息控制仿生机器鱼进行巡航。该系统可精准获取水体不同区域和深度的水质信息，并且人工控制其水下巡检路线。