本发明涉及一种超级计算机作业数据分层存储系统及方法，通过将存储层分为包括高速存储层、在线存储层和近线存储层的三层存储系统，同时基于三层存储系统分别构建了作业数据拷贝回传机制、原始数据存留时间计算机制和作业数据自动归档和换回机制，并将超级计算机系统与三层存储系统进行融合，实现了在控制存储系统整体设备成本的前提下，解决了超级计算机系统用户作业数据存储空间、存取性能和设备成本之间的矛盾，在保持存储设备低成本的同时，提高存储系统总可用空间和存储服务IO性能，提高数据总可用存储空间，降低存储系统设备平均成本。