本发明属于疾病预测系统技术领域，提供了一种基于路径推理的疾病预测系统、存储介质及设备。其中，该系统包括信息获取模块，其用于获取病人入院记录信息及医学疾病的层次父子关系；祖先序列获取模块，其用于基于医学疾病的层次父子关系，构建出医学知识层次图，进而得到病人住院记录信息中的每一个疾病在医学知识层次图中的祖先序列；疾病预测模块，其用于基于医学知识层次图、病人入院记录信息中按时间顺序排列的看病序列、疾病在医学知识层次图中的祖先序列以及预先训练完成的疾病预测模型，预测出病人未来的疾病类型及发生时间。