本发明公开了一种光谱域与时域可编程调谐激光器及调谐方法。由可编程任意波形发生电路产生信号源，经射频功率放大器后作为声光可调谐滤波器的驱动信号。通过程序控制激励不同的驱动信号，改变滤波器透过特性，使激光器工作在连续或主动调Q模式。在连续激光工作模式，当调节可编程任意波形发生电路使驱动信号为单频正弦波时，激光器在整个掺杂光纤增益谱区实现单波长快速调谐输出；当驱动信号为多个频率正弦波合成时，激光器可实现多波长输出且每个波长位置与强度可调；在主动调Q模式，通过可编程任意波形发生电路控制驱动信号可获得调谐单/多波长脉冲输出，且脉冲周期可调。此外，每个脉冲光谱可通过程序控制，实现单/多波长切换输出。