本发明提供了自动测试设备的数字引脚校准方法、系统及自动测试设备，通过将每个数字引脚短接至时间校准套件，并将每个数字引脚的数字驱动信号驱动至时间校准套件；基于预设时间输出延迟，测量每个数字引脚对应数字信号的时域反射信号；按照采样电压对时域反射信号进行电压采样，确定每个采样电压对应的采样时刻；判断当前数字引脚的相邻两个采样电压对应的采样时刻间的第一采样时长是否相同；在相同时，基于预设时间输出延迟确定当前数字引脚的校准时间输出延迟。通过比较采样时刻距离工作电压中间带采样时刻的时长来对当前数字引脚进行校准，并且每个数字引脚仅需两次迭代即可实现校准，过程简便快速，提高了自动测试设备数字引脚校准效率。