本发明提出了一种中医疾病辅助诊断系统、设备及存储介质，数据获取模块获取用户相关中医病案关联文本信息；实体知识获取模块通过BiLSTM‑CRF模型自动获取关联文本信息中文本内的实体知识；知识图谱模块构建医诊疗知识图谱数据库；中医诊断计算模块计算实体知识和知识图谱中中医疾病症状节点的余弦相似度，得到最相关的中医疾病名称；检查图像识别模块识别同一个用户的生化检查图像单据，输出为标准统一的数据；辩证分型辅助模块将检查图像识别模块输出的数据进行辩证分型预测；疾病分析报告模块根据疾病辩证分型结果生成疾病风险报告与诊疗建议。本发明实现了将西医人体生物特征客观数据与中医疾病精准诊断进行有效结合，发挥西医客观指标数据的辅助作用。