本发明公开了一种基于协同论的公司绩效水平模糊综合评价方法及系统，包括：构建目标公司的因素集；构建因素集的权重集；基于因素集，获取评价集；根据因素集、权重集、评价集，构建综合评价模型，综合评价模型用于对目标公司绩效水平进行评价，其中，根据因素集和权重集，获取目标公司绩效水平对评价集的隶属度，根据隶属度和评价集，对目标公司绩效水平进行评价；本发明利用协同论形成一个内在性的组织系统，相互协同，创造协同价值，对于公司优化绩效考核评价体系，绩效考核指标资源的整合、企业绩效得到全面长久的有效提高、形成绩效考核的创新协同网络以及提高提高战略执行力，都具有重要的意义。