本发明提供了一种无砟轨道自密实混凝土疲劳损伤计算方法，属轨道交通技术领域。该方法包括：构建耦合了损伤的自密实混凝土疲劳本构关系式；将耦合了损伤的自密实混凝土疲劳本构关系式嵌入荷载‑无砟轨道非线性有限元模型中，构建损伤‑有限元耦合模型；利用损伤‑有限元耦合模型，分析无砟轨道自密实混凝土层的疲劳损伤演化规律。本发明运用耦合法揭示了疲劳损伤与结构应力之间的耦合关系，弥补了传统解耦法认为结构应力不随损伤累积而变的局限性，探究了列车荷载变化、板端离缝、自密实混凝土初始劣化对无砟轨道填充层疲劳损伤的影响，以及疲劳损伤累积对弯拉应力的影响规律，为高速铁路无砟轨道的长期服役性能研究提供了一定的理论支撑。