本公开涉及一种玻璃晶圆的制备方法及其应用，该制备方法包括如下步骤：将玻璃晶圆的原料混合均匀，进行一次熔炼和搅拌均化，得到第一玻璃液；将所述第一玻璃液进行水炸处理，得到玻璃颗粒；将所述玻璃颗粒进行二次熔炼和搅拌均化，得到第二玻璃液；将所述第二玻璃液进行成型、退火、切割、研磨和抛光处理，得到玻璃晶圆。上述方法制备而成的玻璃晶圆材质均匀性高、总厚度公差小、表面平整度高，利用该玻璃晶圆能够提高材料和设备的利用率，有效降低成本。