本发明属于医学成像技术领域，公开了一种单视角反射式近红外二区荧光动态断层成像系统及方法，包括：荧光成像模块、CT成像模块、中央控制模块、数据处理模块和辅助模块。本发明使用宽场激发光源照射成像目标，采集相机和激发光源在同一测，通过反射式成像，极大提高成像速度，可以获得实时荧光断层成像。本发明采用近红外二区成像，可以提高三维重建的图像分辨率；利用反射式荧光断层成像技术，仅仅使用单视角反射荧光数据进行三维荧光断层重建，有望实现宽场激发获得高成像速度，得到实时荧光断层成像；结合深度重建的单视角CT断层成像技术获取样本结构图像，不再需要对样本进行旋转操作，减少系统复杂性，同时提高了成像速度。