本发明涉及一种工程化高氨氮厌氧发酵菌种驯化及发酵液浓缩的方法，所述工程化高氨氮厌氧发酵菌种驯化的方法通过厌氧发酵体系培菌阶段、耐高氨氮厌氧发酵菌种一级驯化阶段、耐高氨氮厌氧发酵菌种二级驯化阶段，在不增加工程运行成本的情况下，氨氮耐受浓度达到7000mg/L以上，而不产生发酵抑制现象；发酵液浓缩采用高氨氮畜禽粪污水解预处理结合固氨、超声波预处理与膜浓缩的工艺，增加膜对氨氮的截留率，减少氨氮损失，保障后续膜浓缩系统的稳定运行。