本发明公开了一种基于微流控芯片的高通量细胞显微操作装置及控制方法。包括数字摄像头、计算机、控制器、驱动器、微流控芯片、注射装置、微量柱塞泵和倒置显微镜操作台，微量柱塞泵经驱动器、控制器和计算机电连接；微流控芯片上开有五个微量柱塞泵连通的五个盲孔，微流控芯片内部开有主通道，并在主通道一侧开有三个通道，另一侧开有锥形孔；注射装置包含注射针、内连接头、外连接头、压电元件、加持杆，注射装置上的注射针被弹性材料包裹，镶嵌在锥形孔中，用于注射细胞。本发明通过数字摄像头和步进电机形成闭环控制，实现细胞流水线式的自动化操作，减少人工手动操作的劳动量，提高操作效率和质量，加速动植物育种效率和科学研究。