本发明提供一种基于生态系统模型和生物操纵技术的富营养化水体修复设计，涉及富营养化水技术领域。该基于一种基于生态系统模型和生物操纵技术的富营养化水体修复设计，包括以下步骤；S1、对受损水体内的生物进行采集，将碎屑、浮游生物、鱼类及底栖动物进行采集；S2、根据现有数据，构建水体生态系统的Ecopath模型，综合分析系统的能量流动过程、营养级结构和生态系统总体特征；S3、通过Ecopath模型内置经验公式转化得到，浮游生物和碎屑在采集点进行实测数据；S4、查看模型输出结果，计算未利用的水草和浮游藻类初级生产量；S5、根据S4步骤中未利用的水草和浮游藻类初级生产量，来对鱼类投放量进行确定。通过该修复设计，有效降低成本，提高修复效果。