本发明公开多通道指挥控制方法，包括：第一通信终端的移动指挥终端采集第一通信终端内的各个通信设备所要发送至第二通信终端的信号并进行混合编码；移动指挥终端确定第一通信终端和第二通信终端之间的各个通信设备建立的各通道的数据分配量；移动指挥终端据各通道数据分配量，为各通道分配对应数据分配量的数据，由各通道发送至第二通信终端，被分配的数据包括混合编码结果；第二通信终端接收第一通信终端的各个通信设备发送的混合编码结果；第二通信终端根据混合编码结果确定控制命令；第二通信终端将控制命令传输给第一通信终端；第一通信终端接收控制命令并进行响应。本发明可实现两个通信终端之间数据的快速和稳定传输。