本发明公开了一种循环式水下承台柔性止水结构及其施工方法，止水结构包括桩基护筒和预制承台套箱，预制承台套箱套设在桩基护筒上，其底板顶部通过预埋件焊接有剪力键，其底板下方通过预埋螺栓设有胶囊托盘并通过环状的水平止水带将二者缝隙密封，胶囊托盘呈环形并环绕桩基护筒设置，其底端向下延伸并与预制承台套箱底板围成一环形凹槽，且环形凹槽内设置有止水胶囊，止水胶囊设置有充注嘴，且其囊体内部充注有带压气体或带压液体，囊体的内外环面分别贴紧桩基护筒外壁和胶囊托盘内壁，并形成一道竖向止水密封带。本发明结构简单，安装方便，通过胶囊托盘的设置，避免了止水胶囊与混凝土表面的直接接触，有效确保了水下承台的无水施工作业环境。