本发明属于被动微波遥感技术领域，具体地说，涉及一种星载综合孔径微波辐射计在轨射频干扰处理方法，包括：在轨将观测频带划分为多个子频带，以积分时间周期完成由p极化接收通道k和q极化接收通道l组成的相关基线之间的子频带互功率的快速采样，得到积分时间周期内任意相关基线之间的子频带互功率；遍历所有子频带，对每个子频带互功率执行预处理，得到每个子频带对应的预处理后的相关基线的互功率；沿时间维度和频率维度，分别对每个子频带的子频带互功率进行时域和频域射频干扰检测，得到时域和频域射频干扰检测结果；判决每条相关基线之间的子频带的时域射频干扰检测结果和频域射频干扰检测结果，得到最终的射频干扰检测结果。