本发明提供了一种高效清除肠道自由基的红曲红色素水凝胶微球的制备方法。采用70％乙醇溶液浸提红曲米粉中红曲红色素，选用海藻酸钠、壳聚糖与氯化钙交联形成多孔微球，再其中填充红曲红色素。本发明制备的水凝胶微球，湿态水凝胶平均粒径为1.8±0.2mm，干燥后其粒径缩小至0.9±0.10mm，呈现红色球形外观。本发明提供了一种新的保存红曲红色素的方法并且能够缓释红曲红色素，使其功能性得到更好的利用。该法工艺简单，易于操作，重现性好，产品所用的原料广泛易得，价格低廉，节约能源，且具有一定的营养价值和明亮颜色。另外，红曲红色素水凝胶微球不仅可以应用于功能性红曲红色素在肠道的缓释清除肠道自由基，还可以用于功能食品、固体饮料等产品。