本发明提供了堵塞穿透控制装置及血管机器人系统，该装置设置于血管机器人，血管机器人包括导管和导丝，导丝部分穿设于导管内部；导管前端为导管柔性前端；该装置包括：中心点确定模块用于响应启动指令，确定导管柔性前端对应的血管截面中心点；极限位置确定模块用于根据血管截面中心点，确定导管和导丝在血管截面的极限运动位置；穿透模式切换模块用于在血管截面中心点处，控制导管和导丝在极限运动位置内以目标穿透模式进行堵塞位置穿透，根据确认的穿透结果控制目标穿透模式在多种预设穿透模式中进行切换。本发明提供的装置可以自动在血管截面中心点处，极限运动位置内利用多种穿透模式对堵塞位置进行穿透，有效降低穿透血管堵塞位置的难度。