本发明公开了基于细胞工厂的干细胞智能培养设备及其培养方法，基于细胞工厂的干细胞智能培养设备包括：翻转模组，若干液袋，管路系统，电控系统。本申请中电控系统控制管路系统，在细胞培养阶段，使得细胞混合液和功能液进入细胞工厂，并通过电控系统控制翻转模组带动细胞工厂旋转，使得培养后的细胞均匀生长在细胞工厂中，避免现有技术细胞制备过程中细胞生长不均匀，呈现边缘密、中心少或者培养面的一个方向细胞很少的情况；在细胞收获阶段，通过管路系统及翻转机构的自动化操作，实现细胞从细胞工厂上剥离，并通过密封管路收集到细胞混合液袋里，避免了细胞混合液与外界接触，实现无菌操作。