本发明属于识别耳部疾病技术领域，尤其是一种基于集成深度学习的高效识别耳部疾病系统，针对现有的技术不能对耳疾进行自动识别，增加了工作难度的问题，现提出如下方案，其包括内窥镜采集模块、耳镜图像判别模型、深度学习模型模块、耳疾病智能识别和显示模块，所述内窥镜模块与耳镜图像判别模型连接，耳镜图像判别模型与深度学习模型模块连接，深度学习模型模块与耳疾病智能识别连接，内窥镜模块与显示模块连接。本发明通过准确性和训练验证时间对12个公共模型的性能进行了评价；根据评估结果，从12个模型中选取2个最优模型，构建集成分类器，设计并实现耳疾实时自动识别系统。