本发明公开了一种贝叶斯网络推理方法及系统。方法包括S1、在关系数据库的内核中增加系统表，所述系统表用于管理贝叶斯网络模型的元数据；S2、构造用于创建贝叶斯网络模型的DDL语句；S3、构造用于查询贝叶斯网络模型的DML语句；S4、根据步骤S3中的模型数据结构为基础构建贝叶斯网络推理引擎；S5、构造用于调用贝叶斯网络结构学习模块算法执行的语句；S6、构造用于调用贝叶斯网络参数学习模块算法执行的语句；S7、构造用于调用贝叶斯网络推理模块算法执行的语句。本发明通过扩展SQL语法的方式在关系数据库中实现了贝叶斯网络推理，大大降低了用户上手难度；借助关系数据库的数据管理功能减轻了用户管理数据集的负担。