本发明提供一种件烟箱采码系统及采码方法，该系统包括：托盘、工控模块、输送机、扫码器、机械手、存储装置；工控模块分别与扫码器、机械手、托盘、存储装置信号连接，其中，托盘位于输送机末端，用于接收并存储机械手移动的件烟箱，托盘设有条码或编号、托盘容量；工控模块获取托盘的条码或编号、托盘容量，并将托盘条码或编号、托盘容量发送给存储装置，存储装置存储托盘条码或编号、托盘容量；存储装置存储件烟箱数量，同时，将烟箱条码与托盘条码或编号进行对应存储；机械手位于输送机末端，工控模块依据条码状态控制机械手将件烟箱剔除或移动到托盘。本发明通过减少出库时对件烟箱的扫码次数，提升发货效率。