本发明公开了一种基于复合生物炭和菌液提升低污染水稻田质量的方法，具体包括以下步骤：步骤一、大田整理；步骤二、划格育苗；步骤三、种植净化；步骤四、净化换水；本发明涉及土壤修复技术领域。该基于复合生物炭和菌液提升低污染水稻田质量的方法，通过对水稻田进行沟槽整理，构建出标准的种植垄，并在种植垄上隔离出隔水的育苗小区，在主进水净化沟、主出水净化沟和副进水净化沟中浸泡复合生物质碳，对水体进行初次净化，利用复合生物质炭和复合菌液肥对育苗小区进行二次持续净化，保证水体的有效净化，降低水稻籽粒污染物含量的同时，提升水稻产量，从而有效改善矿区水稻田的土壤质量。