本发明公开了一种复合菌土壤修复剂及其制备方法，涉及土壤修复剂技术领域。本发明先使用硝酸铁、硝酸镍、纤维素进行等离子辅助煅烧工艺，得到具有磁性和刚性泡沫结构的碳凝胶层；再将碳凝胶层浸在复合菌种溶液中，得到含有复合菌种的碳凝胶层；最后利用4‑氨基邻苯二腈、均苯四甲酸二酐通过微波辅助液相沉积工艺在含有复合菌种的碳凝胶层表面包裹微孔层制备复合菌土壤修复剂，在光照条件下可以吸附降解重金属土壤中有机染料并且将光能转化为电能产生微电流促进复合菌的繁殖。本发明制得的复合菌土壤修复剂吸附性强、易于回收、使用寿命长、在光照条件下可以高效降解重金属污染土壤中的有机污染物并以加快复合菌种繁殖来加快对土壤的修复。