本实用新型公开了一种双层水生物饲养盒，包括盒体及与盒体可拆卸连接的盖体，所述盒体中下部设有绕盒体内壁一周的凸台，所述凸台上放置有与盒体匹配的隔板，隔板上开有数个贯穿隔板的漏料孔，所述隔板底部固定连接有数个均匀分布的插片，插片远离隔板的一侧通过弹性合页连接有固定片，所述隔板底部还设有益生菌生化棉层，所述插片插入益生菌生化棉层后通过固定片固定，所述益生菌生化棉层上与漏料孔对应处开有相应的通孔。本实用新型结构简单、设计合理，通过配合供养设备，能长期保证饲养水质的稳定，避免频繁换水引起水生生物的应激反应，从而维持水生生物的长期健康饲养。