本实用新型提供的一种新型的磁分离清洗装置，包括第二转盘，第二转盘上设有取放工位，以及至少一个小清洗流程，取放工位与小清洗流程构成循环，取放工位用于放入或取下反应杯，反应杯能经过小清洗流程进行清洗，清洗完的反应杯能回到取放工位上，小清洗流程包括吸废液工位和清洗工位，同一个小清洗流程内的吸废液工位位于清洗工位的前侧，或者，同一个小清洗流程内的清洗工位位于吸废液工位的前侧。本实用新型通过调整工位的数量、位置，以及对应的磁分离位置、数量以及磁分离的时间，达到装置在t时间内完成2个或2个以上的反应杯的清洗，或是2种或2种以上的反应杯的清洗，同时仅利用一个磁分离清洗装置，减少了空间占用率。