本申请提供一种基于异构图的税务异常检测方法，包括：获取各公司的税务数据；将所述税务数据输入预设图数据库，并创建所述税务数据对应的不同类型的节点；利用元路径实例级聚合每个节点的多个元路径信息，利用元路径内级聚合不同元路径实例的信息，利用元路径间级从不同元路径实例中学习所述节点的隐含信息；将所述元路径实例级、元路径内级和元路径间级输入至所述异构图，利用交叉熵损失函数计算损失，得到检测模型；利用所述检测模型进行税务异常检测。本申请利用异构图丰富的税务风险信息，可以使偷漏税检测准确率进一步提升。本申请还提供一种基于异构图的税务异常检测系统、计算机可读存储介质和电子设备，具有上述有益效果。