本申请涉及一种城市疫情时空预测方法、系统、终端以及存储介质。方法包括：收集城市内个体移动轨迹数据以及传染病病例数据；对个体移动轨迹数据进行处理，提取各个区域之间的人口移动流量，并根据时间属性对所述人口移动流量进行划分，并基于区域的邻近关系获取各个时间属性下的人口移动关系；利用基于直方图的相似度算法计算各个区域之间传染病病例数据的相似度，根据所述传染病病例数据的相似度获取各个区域的位置注意力关系；根据人口移动关系、邻近关系和位置注意力关系构建基于图神经网络和长短期记忆网络的传染病时空预测模型。本申请可以对传染病病例数据中的时间依赖性和空间依赖性进行建模，提高时空预测模型的空间感知能力和预测性能。