本申请涉及一种海底金属设备的定位方法、系统、设备和存储介质。该方法包括：将海底的金属设备导入交变电流，利用三维磁场传感器探测所述金属设备产生的可变磁场；根据可变磁场输出X轴、Y轴和Z轴三个方向磁场的感应电压，根据感应电压和所述三维磁场传感器到所述金属设备的第一高度，计算得到水下控制处理系统到所述金属设备的横向偏移量；获取所述水下控制处理系统和高度计之间安装的高度差，并通过高度计获取所述高度计到海底的实时高度；根据实时高度和第一高度，计算金属设备的埋深度，完成对所述金属设备进行定位。该方法计算被探测物位置方法明了，有利于计算机编程，实用性强；自动消除背景磁场的影响，提高作业精度。